Farkas Pétert december 26-án éjszaka egy andorrai hotelben fogták el. Tóth Gábor budapesti rendőrfőkapitány másnap sajtótájékoztatón jelentette be az elfogás tényét. Ismertetése szerint Farkas Péter öccse jogosítványával igazolta magát és elmondta, az elfogást megelőzően körülbelül egy hónappal előbb szerzett tudomást a nyomozóhatóság arról, hogy Spanyolországban tartózkodik a körözött sportoló.

A BRFK Nyomozó Főosztály Kábítószer Bűnözés Elleni Osztályának munkatársai több hónapos felderítőmunka eredményeként 2004. október 14-én házkutatást tartottak egy XVIII. kerületi családi házban, ahol több ezer tő marihuánát találtak a sok milliós ráfordítással átalakított, szellőző-, párologtató és világítóberendezéssel felszerelt helyiségekben. A három gyanúsítottat a helyszínen őrizetbe vették.

A sportolóra 2008 novemberében első fokon öt év fegyházbüntetést szabott ki a bíróság, testvérét, Farkas Károlyt hét évvel sújtotta kábítószerrel kapcsolatos bűncselekmények miatt. A többórás ítélethirdetés közben Farkas Károly rosszullétre hivatkozva szünetet kért, és a határozathirdetés folytatásakor már nem ment vissza a tárgyalóba. Órákkal később újabb szünetet tartott a bíróság, azután már Farkas Péter sem ment vissza a terembe.

A másodfokú bíróság december 12-én Farkas Péter első fokon kiszabott büntetését két évvel, ötről hétre súlyosította, testvére, Károly hétéves és a harmadik vádlott hatéves büntetését pedig helybenhagyta. A bíró az indoklásban azt mondta, a vádlottak 2001 és 2004 között éveken át "irdatlan mennyiségű" kábítószert állítottak elő, aminek a sorsa azonban ismeretlen maradt, pedig nyilvánvaló, hogy értékesítették. Szerinte ha erre is kiterjedt volna a nyomozás, akkor akár életfogytiglannal is sújtható bűncselekmény miatt vonták volna felelősségre az elkövetőket.